De rol van de eigenaar is essentieel bij herbestemming van het kerkgebouw. Bij de Protestanten is de rol die het kerkgebouw speelt anders dan bij de Katholieken. Natuurlijk hechten zij aan hun kerkgebouw maar zij denken breder in het toestaan van functies. De kerkelijke gemeente beslist gezamenlijk over het afstoten, wijzigen of de her- of nevenbestemming van het gebouw.
Protestantse kerken worden vaker gebruikt als kantoorpand of bedrijfsruimte. In 20e-eeuwse Protestantse kerken worden vaker woningen gebouwd. Dit heeft ook te maken met de
verschijningsvorm. Ze zijn vaak kleiner dan de grote neo-gotische Katholieke kerken die vanaf 1850 veel in het zuiden van Nederland zijn gebouwd. Recent heeft de generale synode
van de Protestantse Kerk in Nederland de nota ‘Speelruimte gezocht. Protestantse visie op kerkgebouwen’ uitgebracht. Het is een handreiking en discussiestuk voor de Protestantse
Gemeenten, één hoofdstuk is speciaal gewijd aan de toekomst van het kerkgebouw. Eerder in 2016 werd de publicatie Beheer van kerkgebouwen in tijden van krimp, een staalkaart van mogelijkheden uitgebracht.
Protestantse geloofsgemeenschappen die behoren tot de Protestantse Kerk Nederland (PKN) zijn als volgt georganiseerd. De kerkorde van de PKN bevat bepalingen omtrent bestuur, de financiën, toezicht en (tucht) rechtspraak die gelden voor kerkleden, de (kerkelijke) gemeenten en andere onderdelen.
Het bestuur ligt bij de Kerkenraad. Deze telt naast de predikant ouderlingen, diakenen en ouderling-kerkrentmeesters. De Kerkenraad is eindverantwoordelijk, zij keurt o.a. de begroting en de jaarrekening goed. Het College van Kerkrentmeesters is verantwoordelijk voor het beheer van de financiële middelen en de gebouwen van de gemeente, met uitzondering van diaconale aangelegenheden.
Bij onttrekking aan de eredienst of bij besluitvorming rondom nevengebruik en/of herbestemming is de gehele kerkelijke gemeente betrokken.
Voor vermogensrechtelijke aangelegenheden hebben zowel Kerkenraad als College contact met het Classicaal College (CCBB).